Le Centre des Opérations Scientifiques et de Navigation (Science Operation and Navigation Center : SONC), Situé au CNES à Toulouse (France), est en charge de l'ensemble de la navigation et de la coordination scientifique de l'atterrisseur, incluant :

Traitement et analyse de la télémesure provenant des expériences,
Surveillance des expériences,
Gestion des resources des expériences,
Elaboration et génération des paramètres des commandes des expériences validés et vérifiés,
Définition des paramètres de séparation / descente / atterrissage de l'atterrisseur,
Elaboration et génération du planning de certains sous-systèmes et des paramètres fonctionels de l'atterrissage,
Affichage et analyse des images des sites d'atterrissage pour la sélection du site,
Fourniture aux PIs des données des télémesures traitées,
Fourniture aux fournisseurs de sous-systèmes des données des télémesure traitées, (sur demande uniquement et en coordination avec le LCC),
Coordination de la navigation de l'Atterrisseur Rosetta (séparation / descente / atterrissage) et des activités des expériences avec les Centres d'Opération Rosetta et les laboratoires des PIs,
Archivage de toutes les informations (télémesures, télécommandes, données auxiliaires...) reçues et émises par le SONC,
Préservation des connaissances du projet (documentation, données...), en utilisant un outil dédié, tout au long de la mission.

Des informations plus détaillées sont disponibles à partir du diagramme du SONC.

Le Centre de Contrôle Atterrisseur Allemand (Lander Control Center : LCC), situé au DLR/MUSC à Cologne (Allemagne), est en charge des opérations de l'atterrisseur Rosetta, incluant :

Supervision de l'Atterrisseur à travers le traitement et l'analyse de la télémesure,
Commande de l'Atterrisseur,
Gestion des ressources de l'Atterrisseur Rosetta et fourniture au SONC de l'enveloppe des resources pour les opérations scientifiques,
Opération et maintenance des modèles de référence au sol de l'Atterrisseur,
Fourniture aux fournisseurs de sous-systèmes des données de télémesure traitées,
Fourniture aux PIs des données de la charge utile brutes ou traitées (sur la demande des PI uniquement et en coordination avec le SONC),
Coordination des activités des opérations de l'Atterrisseur Rosetta avec les Centres d'Opérations Rosetta et les fournisseurs de sous-systèmes,
Archivage de toutes les informations (télémesures, télécommandes, données auxiliaires...) reçues et émises par le LCC,
Préservation du savoir faire des opérations de la plate-forme et de la charge utile de l'Atterrisseur Rosetta.

Des informations plus détaillées sont disponibles à partir du diagramme du LCC.